根据国家税务总局《关于加强对货物运输业税收征收管理的通知》【国税发明电[2003]53号】的规定：运输单位向增值税一般纳税人开具运输发票后，发生退票的，应按以下方法处理：

　　(1)增值税一般纳税人在未付款并且未作账务处理的情况下，须将发票原件退还运输单位，运输单位收到后，将该发票注明作废字样，作为扣减当期运输收入的凭证，并重新开具运输发票送交一般纳税人。

　　(2)一般纳税人已付款，或款未付但已作账务处理，运费发票的发票联无法退回的，一般纳税人必须取得当地主管税务机关【国税)开具的《进货退出或索取折让证明单》送交运输单位，运输单位收到证明单后开具红字运输发票，作为扣减当期运输收入的凭证，同时将红字运输发票送交一般纳税人，一般纳税人收到红字发票后，作为扣减进项税额的凭证。

　　(3)运输单位在重新开具发票时，应同时进行新开具金额及税款与原开具金额及税款的清算，实行多退少补。