2010年4月，国家税务总局下发《关于外贸企业丢失增值税专用发票抵扣联出口退税有关问题的通知》（国税函〔2010〕162号）对外贸企业丢失增值税专用发票抵扣联后如何办理出口退税的问题进行了明确。

 
    一是发票联与抵扣联全部丢失时。根据文件规定，外贸企业丢失已开具增值税专用发票联和抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。

    文件首次明确在丢失已开具增值税专用发票联和抵扣联的情况下，通过认证相符记账联可以作为外贸企业申报并计算出口退税的依据。

　　二是有发票联但抵扣联丢失时。根据文件规定，外贸企业只丢失已开具增值税专用发票抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票发票联复印件向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
　　有两点需要注意：一是根据《国家税务总局关于调整增值税抵扣凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号），自2010年1月1日起，增值税专用发票等抵扣凭证抵扣期限，由90天调整为180天。那么，外贸企业只丢失已开具增值税专用发票（发票联或抵扣联），如还未认证的应在规定期限的180天内及时进行认证，并按上述两类情况的要求办理出口退税的有关事宜。

　　三是对于各地主管出口退税的税务机关为了加强出口退税审核与管理，在增值税专用发票信息比对无误的情况下，才能按现行出口退税规定办理外贸企业丢失已开具增值税专用发票的出口退税事宜。