2010年1月26日，国家税务总局发布了《国家税务总局关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》（国税函[2010]39号）一文，文件按国税发[2008]28号文精神，对跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）经营建筑企业所得税征收管理问题做出了三项明确规定：

　　第一、实行总、分机构体制的跨地区经营建筑企业应严格执行国税发[2008]28号文件规定，按照“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的办法计算缴纳企业所得税。

　　第二、建筑企业跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等），应汇总到总机构或二级分支机构统一计算，按照国税发[2008]28号文件规定的办法计算缴纳企业所得税。

　　第三、各地税务机关自行制定的与本通知相抵触的征管文件，一律停止执行并予以纠正；对按照规定不应就地预缴而征收了企业所得税的，要及时将税款返还给企业。未按本通知要求进行纠正的，税务总局将按照执法责任制的有关规定严肃处理。

　　国税函[2010]39号是企业所得税法人税制制度的重要体现，国家税务总局面对地方各级税务机关对建筑企业异地经营税源的争夺，对建筑企业异地施工的所得税征管体系作了上述规定，对跨地区经营建筑企业而言，值得称赞。

　　但仅仅几个月以后，2010年4月19日国家税务总局又发布了《国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函[2010]156号）文，对建筑企业异地施工的所得税管理模式进行了调整和补充。不少地方值得纳税人关注：

　　（一）坚持法人所得税制原则下，对征管方式作出调整。

　　第一，国税函[2010]156号重申国税函[2010]39号中关于实行总、分机构体制的跨地区经营建筑企业需要就地预缴企业所得税的规定：

　　实行总分机构体制的跨地区经营建筑企业应严格执行国税发[2008]28号文件规定，按照“统一计算，分级管理，就地预缴，汇总清算，财政调库”的办法计算缴纳企业所得税。

　　可见，企业所得税法人税制仍是建筑企业跨地区经营企业所得税征收管理所需遵循的基本精神。

　　第二，不就地预缴的不符合二级分支机构条件的项目部范围缩小。国税函[2010]39号规定：建筑企业跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等），应汇总到总机构或二级分支机构统一计算，按照国税发[2008]28号文件规定的办法计算缴纳企业所得税。

　　国税函[2010]156号规定：建筑企业所属二级或二级以下分支机构直接管理的项目部（包括与项目部性质相同的工程指挥部、合同段等，下同）不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额应汇总到二级分支机构统一核算，由二级分支机构按照国税发[2008]28号文件规定的办法预缴企业所得税。

　　上述变化可以看到，总机构直接管理的不符合二级分支机构条件的项目部排除在不就地预缴企业所得税的范围之外。

　　第三，规定了总机构直接管理的跨地区设立的项目部预缴比例和方式。

　　国税函[2010]156号规定：建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。

　　例如，某建筑企业总公司设在北京，并在上海、杭州设有分公司（假设符合二级分支机构的条件）。总机构派出项目部在成都施工，上海分公司派出项目部在宁波施工，杭州分公司派出项目部在广州施工。（假设成都、宁波、和广州的项目部都不属于二级分支机构）

　　按国税函[2010]39号规定，成都项目部的收入、费用、资产应纳入总机构统一计算，宁波项目部应纳入上海分公司统一计算，广州项目经理部应纳入杭州分公司统一计算，最后再按照国税发[2008]28号文件进行操作。因此，该企业虽然在成都、宁波、和广州设立了项目部，但是并不需要就地预缴企业所得税。

　　但根据国税函[2010]156号规定，成都项目部属于总机构直接管理的跨地区设立的，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。

　　上述变化可以说是国家税务总局，面对地方各级税务机关税源利益诉求，而作出妥协而产生的结果。但上述调整一方面坚持了法人所得税制的原则，另一方体现了税源地利益要求。

　　（二）对总机构应汇总计算企业应纳所得税的预缴方法作出明确

　　国税函[2010]156号分三种情况，对总机构应汇总计算企业应纳所得税的预缴方法作出了明确：

　　（1）总机构只设跨地区项目部的，扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额就地纳；

　　（2）总机构只设二级分支机构的，按照国税发[2008]28号文件规定计算总、分支机构应缴纳的税款；

　　（3）总机构既有直接管理的跨地区项目部，又有跨地区二级分支机构的，先扣除已由项目部预缴的企业所得税后，再按照国税发[2008]28号文件规定计算总、分支机构应缴纳的税款。

　　（三）重新强调外出经营活动税收管理证明

　　国税函[2010]156号规定：跨地区经营的项目部（包括二级以下分支机构管理的项目部）应向项目所在地主管税务机关出具总机构所在地主管税务机关开具的《外出经营活动税收管理证明》，未提供上述证明的，项目部所在地主管税务机关应督促其限期补办；不能提供上述证明的，应作为独立纳税人就地缴纳企业所得税。同时，项目部应向所在地主管税务机关提供总机构出具的证明该项目部属于总机构或二级分支机构管理的证明文件。

　　国税函[2010]39号出台后，不少人认为跨地区经营的建筑企业所得税的征收不再和外出经营证明相挂钩，无论是否开具外出经营证明，都不存在建筑企业在施工项目所在地就地随票附征企业所得税的问题。但此次，国税函[2010]156号重新强调外出经营活动税收管理证明，对上述观点是当头一棒。

　　重新强调外出经营活动税收管理证明，建筑企业会担心无法摆脱《国家税务总局关于建筑安装企业所得税纳税地点问题的通知》（国税发[1995]227号）下将企业所得税管理与外出经营证挂钩，被重复征税的厄运。个别地方税务机关必然会出于税源利益保护的需要，紧紧抓住这个政策不放，对辖区内的异地施工项目部征收企业所得税。而项目部回到自己的总机构所在地，总机构所在地主管税务机关认为这部分税款并不符合国税发[2008]28号文件的规定，不允许其抵缴被征税款。

　　此外，国税函[2010]156号对明确建筑企业办理企业所得税年度汇算清缴主体、附送资料、适用范围以及执行时间作出了规定：

　　建筑企业总机构应按照有关规定办理企业所得税年度汇算清缴，各分支机构和项目部不进行汇算清缴。总机构年终汇算清缴后应纳所得税额小于已预缴的税款时，由总机构主管税务机关办理退税或抵扣以后年度的应缴企业所得税。

　　建筑企业总机构在办理企业所得税预缴和汇算清缴时，应附送其所直接管理的跨地区经营项目部就地预缴税款的完税证明。

　　建筑企业在同一省、自治区、直辖市和计划单列市设立的跨地（市、县）项目部，其企业所得税的征收管理办法，由各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局共同制定，并报国家税务总局备案。

　　因此，建筑企业在统一省、自治区、直辖市或者计划单列市范围内，跨地区经营，其具体的征收办法还要看所在地省、自治区、直辖市或者计划单列市税务机关的政策规定。

　　国税函[2010]156号自2010年1月1日起施行，因此对建筑企业2009年度企业所得税汇算清缴没有影响。