为扶持和鼓励高新技术企业的发展，对于国家需要重点扶持的高新技术企业，《企业所得税法》允许减按15%的税率征收企业所得税。对于开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，《实施条例》允许在计算应纳税所得额时加计扣除50%.对于如何认定高新技术企业，依据上述法律法规，科技部、财政部、国家税务总局于2008年4月下发了《高新技术企业认定管理办法》(国科发火[2008]172号，以下简称《认定办法》)和《国家重点支持的高新技术领域》。为便于科技、财政、税务主管部门及高新技术行业企业操作，科技部、财政部、国家税务总局近日联合下发《高新技术企业认定管理工作指引》(国科发火[2008]362号，以下简称《工作指引》)，文件明确了高新技术企业认定管理中各相关单位的职责，确定了企业研究开发活动及费用归集标准，明晰了各指标内涵及其测度方法等事项。

　　一、对新旧政策法规过渡期的企业认定工作、适用法规作了安排

　　《工作指引》对2007年底前国家高新技术产业开发区(包括北京市新技术产业开发试验区)内、外已按原认定办法认定的仍在有效期内的高新技术企业资格依旧予以承认，但在按税法规定享受企业所得税优惠政策时，仍要求按照《认定办法》和《工作指引》重新认定，合格后方可享受相关优惠。

　　对原依法享受企业所得税定期减免税优惠未期满的高新技术企业，允许依照《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》(国发[2007]39号)的有关规定执行。即：自2008年1月1日起，原享受低税率优惠政策的企业，在新税法施行后5年内逐步过渡到法定税率;原享受企业所得税“两免三减半”、“五免五减半”等定期减免税优惠的企业，新税法施行后继续按原税收法律、行政法规及相关文件规定的优惠办法及年限享受至期满为止。

　　对经济特区和上海浦东新区内新设立并按《认定办法》和《工作指引》认定的高新技术企业，按《国务院关于经济特区和上海浦东新区新设立高新技术企业实行过渡性税收优惠的通知》(国发[2007]40号)的有关规定执行。

　　二、明确了高新技术企业认定管理中各相关单位的主要职责

　　《工作指引》对领导小组和办公室及认定机构的主要职责、中介机构及专家的条件和职责、专家库及专家选取办法作出了较为详细的规定。强调了中介机构及专家在认定工作中依法保持独立、客观，确保认定结果的公正。

　　《工作指引》仅对中介机构在出具专项审计报告时弄虚作假等行为，作出了“取消其参与认定工作资格，并在高新技术企业认定管理工作网上公告”的处罚规定，并未对专家违规的处理作出相应规定。

　　三、明确了认定与申请享受税收政策的有关程序

　　(一)资格的认定

　　《工作指引》明确了高新技术企业的认定必须经过自我评价、注册登记、准备并提交材料、组织审查与认定、公示及颁发证书五个环节。对于组织审查与认定以及公示，《工作指引》分别规定了工作时限，前者应在收到企业提供完整的申请材料后60个工作日内完成，后者的时限为15个工作日。

　　高新技术企业资格自颁发证书之日起生效，有效期为三年。

　　(二)复审

　　高新技术企业资格期满前三个月内企业应提出复审申请，不提出复审申请或复审不合格的，其高新技术企业资格到期自动失效。对于复审，《工作指引》对企业提交的资料及认定机构的职责作出了相应规定。通过复审的高新技术企业资格自颁发“高新技术企业证书”之日起有效期为三年。有效期满后，企业再次提出认定申请的，按初次申请办理。

　　(三)申请享受税收政策

　　认定(复审)合格的高新技术企业，自认定(复审)当年起可依照税收法律法规的有关规定，申请享受税收优惠政策。未取得高新技术企业资格或不符合《企业所得税法》及其《实施条例》、《税收征管法》及其《实施细则》，以及《认定办法》等有关规定条件的企业，不得享受税收优惠。

　　(四)复核

　　对高新技术企业资格及其相关税收政策落实产生争议的，《指引》也明确了相关处理办法。

　　四、确定了研究开发活动及研究开发费用归集标准

　　(一)研究开发活动的确认

　　1、《工作指引》对高新技术企业及高技术服务业的研究开发活动以及研究开发项目作出了定义。高新技术企业的研究开发活动是指为获得科学与技术(不包括人文、社会科学)新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品(服务)而持续进行的具有明确目标的活动。高技术服务业的研究开发活动是指企业为支持其在高新技术服务业领域内开发新产品(服务)、采用新工艺等，而在自然科学和工程技术方面取得新知识或实质性改进的活动;或从事国家级科技计划列入的服务业关键技术项目的开发活动。研究开发项目是指不重复的，具有独立时间、财务安排和人员配置的研究开发活动。

　　2、列举了判断依据和方法。除行业标准判断法和专家判断法两个主要方法外，允许将目标或结果判定法作为辅助标准。

　　(二)研究开发费用的归集

　　《工作指引》首先明确了企业的研究开发费用是以各个研发项目为基本单位分别进行测度并加总计算的。

　　《工作指引》提供了样表，要求企业按照规定的格式设置高新技术企业认定专用研究开发费用辅助核算账目，提供相关凭证及明细表，并按本《工作指引》要求进行核算。

　　对构成研究开发费用的人员工资、直接投入、折旧费用与长期待摊费用、设计费用、装备调试费、无形资产摊销、委托外部研究开发费用、其他费用归集范围作出了规定。特别需要注意的是：委托外部研究开发费用的发生金额应按照独立交易原则确定，认定过程中，按照委托外部研究开发费用发生额的80%计入研发费用总额。为研究开发活动所发生的其他费用，一般不得超过研究开发总费用的10%，另有规定的除外。

　　五、明晰了各指标内涵及其测度方法

　　(一)核心自主知识产权

　　《工作指引》重申：《认定办法》规定的核心自主知识产权包括：发明、实用新型、以及非简单改变产品图案和形状的外观设计(主要是指：运用科学和工程技术的方法，经过研究与开发过程得到的外观设计)、软件著作权、集成电路布图设计专有权、植物新品种。

　　本《工作指引》所称的独占许可是指在全球范围内技术接受方对协议约定的知识产权(专利、软件著作权、集成电路布图设计专有权、植物新品种等)享有五年以上排他的使用权，在此期间内技术供应方和任何第三方都不得使用该项技术。

　　《工作指引》要求高新技术企业认定所指的核心自主知识产权须在中国境内注册，或享有五年以上的全球范围内独占许可权利(高新技术企业的有效期应在五年以上的独占许可期内)，并在中国法律的有效保护期内。

　　(二)企业科技人员和研究开发人员

　　《工作指引》明确：企业科技人员是指在企业从事研发活动和其他技术活动的，累计实际工作时间在183天以上的人员。包括：直接科技人员及科技辅助人员。

　　企业研究开发人员主要包括研究人员、技术人员和辅助人员三类。

　　《工作指引》统一了研究开发人数的统计口径：主要统计企业的全时工作人员，可以通过企业是否签订了劳动合同来鉴别。对于兼职或临时聘用人员，全年须在企业累计工作183天以上。

　　(三)对高新技术产品(服务)收入作了界定

　　企业通过技术创新、开展研发活动，形成符合《重点领域》要求的产品(服务)收入与技术性收入的总和。

　　技术性收入主要包括以下几个部分：

　　1、技术转让收入：指企业技术创新成果通过技术贸易、技术转让所获得的收入;

　　2、技术承包收入：包括技术项目设计、技术工程实施所获得的收入;

　　3、技术服务收入：指企业利用自己的人力、物力和数据系统等为社会和本企业外的用户提供技术方案、数据处理、测试分析及其他类型的服务所获得的收入;

　　4、接受委托科研收入：指企业承担社会各方面委托研究开发、中间试验及新产品开发所获得的收入。

　　(四)自主知识产权、研究开发组织管理水平、科技成果转化能力、以及资产与销售额成长性的具体评价方法

　　《工作指引》选取自主知识产权、科技成果转化能力、研究开发的组织管理水平、成长性指标等四项指标，用于评价企业利用科技资源进行创新、经营创新和取得创新成果等方面的情况。确定了各项指标的权重，对指标计算与赋值作了详细说明，对各单项指标的测算依据进行了分解。

　　《工作指引》同时还确定了符合高新技术企业的分值70分。