问：新办物流企业由于资源与地方规定自开票有差距，代开发票由主管地方税务机关按发票金额3.3预征所得税，国税规定我们实行查账征收、需要按季按25%税率征收所得税、并当期不得抵减开具发票时已向地税机关已预交3.3的所得税、有法律依据吗？我们认为向国税机关申报所得税时应当将向地税机关预交的3.3%所得税作为国税申报时的已经预交数进行抵减、年终进行汇算清缴才符合税法的立法原则，请问相关法律依据级规定。
答：根据《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]第088号）文件的规定：
　　四、关于货运发票开具问题
　　（一）按代开票纳税人管理的所有单位和个人（包括外商投资企业、特区企业和其他单位、个人），凡按规定应当征收营业税，在代开货物运输业发票时一律按开票金额3%征收营业税，按营业税税款7%预征城建税，按营业税税款3%征收教育附加费。同时按开票金额3.3%预征所得税，预征的所得税年终时进行清算。但代开票纳税人实行核定征收企业所得税办法的，年终不再进行所得税清算。
　　 因此，贵公司代开发票时预征的所得税在年终时进行清算。