问：企业实际收到的库存数量由于合理损耗或非正常损失，可能会小于发票开具的数量，请问：1、进项税额能否全额抵扣？ 2、是否需要重新开具发票？ 3、如果不重新开具发票有什么问题？
答：根据《中华人民共和国增值税暂行条例》(国务院令2008年第538号)规定：

　　“第十条　下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：

　　……;

　　(二)非正常损失的购进货物及相关的应税劳务;

　　(三)非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务;

　　……;

　　(五)本条第(一)项至第(四)项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费用。”

　　根据国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知(国税发[2006]156号)规定：

　　“第十三条 一般纳税人在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理;开具时发现有误的，可即时作废。

　　作废专用发票须在防伪税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质专用发票(含未打印的专用发票)各联次上注明“作废”字样，全联次留存。

　　第十四条 一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》(以下简称《申请单》，附件3)。

　　《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。”

　　贵公司发生的损失如果被当地主管税务机关认定为合理损耗，不属于上述不得抵扣进项税的范围，其损耗产品原料进项税是可以抵扣的，不需要做进项税转出处理。如果被认定为非正常损失，按上述规定就购进货物的非正常损失部分作进项税转出处理。发生合理损耗或非正常损失不属于国税发[2006]156号文规定的按“作废”处理重开发票或申请开具红字增值税专用发票的范围，不需重新开具发票。但如果由于销售方的责任造成非正常损失，可与对方协商按销货退回或销售折让处理。

　　根据《中华人民共和国增值税暂行条例》(国务院令2008年第538号)规定：

　　“第十条　下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：

　　……;

　　(二)非正常损失的购进货物及相关的应税劳务;

　　(三)非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务;

　　……;

　　(五)本条第(一)项至第(四)项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费用。”

　　根据国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知(国税发[2006]156号)规定：

　　“第十三条 一般纳税人在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理;开具时发现有误的，可即时作废。

　　作废专用发票须在防伪税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质专用发票(含未打印的专用发票)各联次上注明“作废”字样，全联次留存。

　　第十四条 一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》(以下简称《申请单》，附件3)。

　　《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。”

　　贵公司发生的损失如果被当地主管税务机关认定为合理损耗，不属于上述不得抵扣进项税的范围，其损耗产品原料进项税是可以抵扣的，不需要做进项税转出处理。如果被认定为非正常损失，按上述规定就购进货物的非正常损失部分作进项税转出处理。发生合理损耗或非正常损失不属于国税发[2006]156号文规定的按“作废”处理重开发票或申请开具红字增值税专用发票的范围，不需重新开具发票。但如果由于销售方的责任造成非正常损失，可与对方协商按销货退回或销售折让处理。