无形资产核算的难点主要是自行研发的无形资产中研发支出的处理和后续计量中减值额的确定。在研发阶段需要严格区分研究阶段支出与开发阶段支出。研究阶段的支出，应当于发生当期归集后计入损益（管理费用）；开发阶段的支出在符合特定条件时则可以确认为无形资产，即资本化。对于同一项无形资产在开发过程中达到资本化条件之前已计入损益的支出不能进行调整。后续核算的难点在于大部分无形资产的可比性比较差。