货物运输企业发票具有可用于抵扣增值税进项税、联运与非联运计税依据不一致、异地业务联系多等特殊性，因而容易成为非法套利的工具和手段，对货物运输自开发票的管理也一直存在着不易发现、难于监管的问题。货运自开发票非法套利现象虽然存在一定的隐蔽性，但是通过不断的探索实践和经验总结，税务人员还是能够通过比对发现出一些蛛丝马迹。

　　方法一：通过审核企业用于抵扣营业额的货运发票发现疑点。货运企业用于抵扣营业额的货运发票复印件一般应报送税务所货运管理员进行备案，因此，发票的复印件形式审查就十分重要，比如要看发票版式大小、字符的清晰度、字体的大小一致度等内容，如果有真票存在细微差别，就需要将相应发票发至主管税务机关的税政科(限于问题发票所涉及企业在北京)进行协查。

　　方法二：通过翻阅企业账册发现疑点。通过抽取有代表性的货运企业进行实地核实，翻阅企业账簿，如果发现企业的银行存款没有资金的流动、固定资产账是空白页、往来款项额度较大等诸多与现实经营规律不符的情况，由此可以确认其为疑点企业。

　　方法三：通过开票系统基础数据比对发现疑点。比如针对企业运输能力与开票金额是否相符，可以利用以每吨运输工具的开票金额指标(所开具发票总金额/运输工具总吨数)为对比指标。针对企业是否存在代开行为，可以利用以开票份数(年开票份数/12)和单张开票金额(所开具发票总金额/开票份数)为对比指标。针对联运业务的真实性，可以利用以联运企业税收负担率(应缴纳营业税额/营运收入总额)为对比指标，通过数据的排序比对，最终确认存在问题的企业。

　　方法四：通过货运发票管理信息系统查看发票清单发现疑点。在对系统中企业开票详细信息进行抽查时可以发现，个别企业发票开具时间、开具金额都有些特别。如开票日期只集中在一个月的某几天，同一天开具发票份数较多，同一天多份发票都开具给同一企业，多份发票所列金额完全相同等等。这些行为，感觉与日常规律不相符，通过进一步协查等措施发现其问题。